南通大学始建于1912年创办的私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校。2004年，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并组建新的南通大学。学校是江苏省和交通运输部共建的综合性大学，首批江苏高水平大学建设培育支持高校。

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一个多世纪以来，学校秉承“祈通中西，力求精进”的校训精神、“学必期于用，用必适于地”的办学理念、“道德优美，学术纯粹”的价值追求，锐意进取，砥砺前行，现已建设成为一所规模结构合理、学科门类齐全、教学质量优秀、办学效益明显的地方综合性大学。1977年恢复高考以来，共有3名本科毕业生入选两院院士，人数并列全国高校第35位。