南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006年南阳市对南阳医学教育资源进行整合，将张仲景国医大学、南阳中医药学校连并入南阳医学高等专科学校，形成了中医日渐厚重、中西医并举、医药护技齐全的办学格局。

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目前，学校占地1316亩，校舍建筑面积51.42万平方米；教学科研仪器设备总值1.33亿元；图书馆总藏书量175万册，其中纸质图书123万册，电子图书52万册，中外文期刊1300余种。学校内设20个党政群团机构，14个教学系(部、院)，6个教辅机构。开设有临床医学、护理、中医学、药学等20个专业，并与美国卡姆登学院、美国哈森大学、菲律宾伊密里欧学院、日本大阪滋庆学园联合举办护理、药学、口腔医学等8个涉外专业。